La loi de programme pour la recherche du 18 avril 2006 introduit dans le paysage universitaire français les Pôles de Recherche et de l'Enseignement Supérieur (PRES). Le but premier de ces PRES est de constituer des départements de recherche puissants, visibles au niveau international en regroupant les activités des établissements d'un même site. La Conférence des présidents d'université (CPU) a largement contribué à promouvoir le concept même des PRES, qui a créé une vraie dynamique au sein des établissements français.

Les principaux objectifs des PRES sont:
- la mise en cohérence de la politique de formation, d'orientation et de professionnalisation, notamment aux niveaux des masters et des doctorats  sur un site;
- la mise en cohérence et la fédération du dispositif de recherche d'un site ;
- l'amélioration de la lisibilité, de l'efficacité et de la gouvernance ;
- la visibilité et l'attractivité globale des établissements partenaires ;
- la mise en exergue de secteurs d'excellence, et le renforcement de leurs capacités de recherche et de rayonnement international ;
- la mutualisation de services opérationnels actuellement redondants, ou de nouveaux services ou dispositifs à construire

En prenant appui sur les acquis de la dynamique interuniversitaire à l'échelle d'un site (ville, agglomération ou région), un grand nombre d'universités et d'autres établissements d'enseignement supérieur se sont engagés dans la construction de PRES adaptés à leur situation propre, et qui expriment leurs ambitions spécifiques. D'autres partenaires, organismes de recherche et collectivités locales, sont généralement associés à ces démarches. Neuf PRES ont été formellement constitués sur tout le territoire français, réunissant une cinquantaine d'établissements.
Tous les PRES ont en commun la délégation de compétences sur des champs significatifs, en particulier en matière de recherche, de formations doctorales et de l'international. A titre d'exemple, toutes les publications scientifiques des sites sont désormais présentées sous la signature unique du PRES ; cette identification unifiée sur un site est primordiale dans le cadre des mesures bibliométriques qui servent à évaluer la production scientifique au niveau international.
Etant basé sur une situation géographique et institutionnelle différente, le caractère de chaque PRES diffère cependant considérablement d'un cas à l'autre. Un rapide tour de France montre que, selon la situation locale, chaque projet retient tout ou partie des différents objectifs précités. Selon les objectifs visés, on peut, aujourd'hui, schématiser en trois grandes catégories les PRES en cours d'élaboration :

- Les PRES « écrins », destinés à augmenter la visibilité de la recherche d'excellence des établissements partenaires. Seulement une partie des activités de recherche sont donc placées au niveau du PRES.
- Les PRES « pré fusionnels », visant à gérer et à piloter pour le compte de plusieurs établissements des pans entiers de leurs activités. On trouve cette démarche plutôt dans les agglomérations où existent plusieurs universités issues des découpages de 1970. Si des universités sont déterminées à se rapprocher pour n'en constituer qu'une, le passage par la case « PRES » n'est en rien obligatoire.
- Les PRES « de coopération », qui visent à donner un cadre formel pour optimiser l'organisation du système universitaire, dans le cadre d'un renforcement de la coopération entre les acteurs de l'enseignement supérieur et de la recherche. Ceci peut concerner par exemple la définition des cartes de formation sur un territoire plus ou moins important, mais aussi la fédération optimale des différentes compétences en recherche ou la mutualisation des services rares et précieux (expertise juridique, gestion d'un portefeuille de brevets, production de ressources pédagogiques en ligne, etc.…). On peut imaginer qu'à terme un tel PRES soit à l'origine d'une organisation universitaire nouvelle où certains établissements, à l'image mutatis mutandis de l'Université de Californie ou de celle du Québec, seront organisés en « campus » éloignés géographiquement et dotés de fortes délégations de compétences. Une telle conception peut aider à préserver à l'échelle d'un territoire, selon un maillage pertinent, la plus large couverture disciplinaire en matière de formation et de recherche, et, en ce sens, elle est une véritable alternative face à une évolution qui conduirait à renforcer une hiérarchisation entre universités de plein exercice et « collèges universitaires ».

Cette typologie témoigne de l'inventivité et des capacités d'adaptation des communautés universitaires ; certains des projets en cours proposent d'ailleurs des solutions intermédiaires ou des combinaisons des trois types. Tout ceci traduit de fait l'effort collectif des universités pour mieux appréhender et réguler la diversité du système d'enseignement supérieur français.

La CPU est convaincue qu'à terme, les PRES vont rendre le système universitaire français plus efficace, tout en respectant la diversité des conditions dans les différents sites. Au plan international, les PRES rendront le paysage universitaire français plus lisible et ils augmenteront la capacité d'actions des établissements impliqués sur un plan international.

 
- « Aix-Marseille université » : les trois universités d'Aix-Marseille ;
- « Nancy Université » : les universités Nancy 1 et 2 et l'INP ;
- « Paris Est Université » : l'école des ponts, l'université de Marne la Vallée, L'université Paris 12 Val-de-Marne, l'école supérieure d'ingénieurs en électronique et électrotechnique (ESIEE) et le Laboratoire central des ponts et chaussées) ;
- « Paris Tech » : 10 écoles d'ingénieurs, dont l'école nationale des ponts et chaussées, l'école nationale supérieure de chimie de Paris, l'école nationale supérieure des mines de Paris, l'ENSAM, l'école polytechnique, l'école supérieure de physique et de chimie industrielle de la ville de Paris, Agro Paris Tech ;
- « Université de Bordeaux » : les 4 universités bordelaises, trois écoles d'ingénieurs et l'IEP ;
- « Université de Lyon » : les 3 universités de Lyon, les 2 ENS et l'école centrale de Lyon ;
- « Université de Toulouse » : les universités de Toulouse 1, 2, 3, l'INP de Toulouse, l'INSA et l'école nationale supérieure de l'aéronautique et de l'espace ;
- « Université européenne de Bretagne » : les universités de Rennes 1, 2, Bretagne occidentale, Bretagne Sud, l'Agrocampus de Rennes, l'INSA de Rennes, l'antenne de l'ENS Cachan, l'ENST Bretagne et l'ENSC Rennes ;
- « UniverSud Paris » : les universités de Paris Sud 11, Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines. L'ENS Cachan, l'Ecole Centrale Paris et L'école Supérieure d'Electricité (SUPELEC).

Conférence des Présidents d'Université (CPU)
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